Krátka správa o priebehu Erasmus+ BIP zameraného na štúdium diverzity fauny prameňov Karpát

Dňa 17.09.2023 bolo v Penzióne Borovica v Stratenej (Slovenský raj) vďaka podpore Erasmus+ otvorené podujatie BIP (Blanded Intensive Programme) (v slovenčine Zmiešaný intenzívny program), ktoré organizovala  Katedra ekológie Prešovskej univerzity v Prešove a zúčastnili sa ho študenti a vyučujúci z ďalších troch partnerských zahraničných univerzít – Katedra Zoologii Bezkręgowców i Hydrobiologii, Uniwersytetu Łódzkiego (Poľsko), Hidrobiológiai Tanszék, Pécsi Tudományegyetem a Biológiai Intézet, Eszterházy Károly Katolikus Egyetem (obe univerzity zastupujúce Maďarsko).

Druhý deň (18.09.2023) prebiehal celodenný zber bezstavovcov v prameňoch Slovenského raj. Študenti  mali možnosť naučiť sa viaceré metódy odberu vzoriek v rôznych typoch prameňov, oboznámiť sa s postupmi fixácie a dokumentácie vzoriek priamo v teréne a spôsobmi získavania a zaznamenávania ekologických parametrov prostredia.

Tretí deň (19.09.2023) prebiehalo v provizórnom laboratóriu v Penzióne Borovica triedenie zozbieraného materiálu, morfologická identifikácia bezstavovcov, dokumentácia, disekcia zozbieraných bezstavovcov a teoretický úvod do DNA barcodingu – extrakcia DNA metódou Chelex, amplifikácia fragmentu mitochondriálneho génu Cytochrome c oxidase subunit I (COI) a sekvenovanie tretej generácie (Nanopore sequencing).

Štvrtý deň (20.09.2023) prešli študenti od teórie k praxi a vyskúšali si priebeh DNA barcodingu, počnúc extrakciou DNA zozbieraných premenných bezstavovcov až po začiatok PCR reakcie.

Piaty deň (21.09.2023) sme si dopriali trochu oddychu a popri amplifikácii COI sme objavovali krásy Slovenského raja na terénnej exkurzii do Zejmarskej rokliny a planiny Geravy.

Posledný deň (22.09.2023), finalizácia BIP, kedy sme vyhodnotili úspešnosť PCR reakcie a novej metódy sekvenovania PCR produktov a nakoniec vytvorili knižnicu DNA barcodov v online platforme BOLD System.